Sau hơn 100 năm, trải qua bao thăng trầm của lịch sử, và tác động của thời tiết nhà thờ giáo xứ đã xuống cấp nghiêm trọng. Từ năm 2005 bà con giáo dân trong giáo xứ đã tính đến việc xây dựng lại ngôi thánh đường mới, khang trang đến nay đã được toại nguyện.
Ngôi thánh đường mới của giáo xứ sẽ vẫn giữ lại kiến trúc cổ kính sẵn có của ngôi thánh đường cũ. Ngôi thánh đường mới sẽ có nền cao 1,5m, chiều cao nhà thờ là 16,5m. Nhà thờ có 4 hàng cột gỗ Lim và 7 vi gỗ thánh đường mới sẽ được nâng cấp móng ra và giữ nguyên hoa văn ban đầu, đồng thời thêm 2 tháp chuông mỗi tháp cao 32m.
Hiện nay công trình vừa được hạ giải và đang tiến hành ép cọc mỗi cọc ép có chiều dài 5 m chiều rộng 20cm x 20cm đóng 4 tầm tổng cộng sâu 20m.
Dự kiến tiến độ công trình xây dựng lại ngôi thánh đường Giáo xứ Ninh Mỹ hnư sau:
- thánh lễ hạ giải và lắp cọc móng mới được cử hành vào hồi 09 giờ Ngày 07/06/2011
- từ ngày 27/07 đến ngày 07/08 lắp cọc bê tông Nhồi cọc và muc móng nhà thờ
- từ ngày 07/08 đến ngày 17/08 làm thép móng và đổ bê tông móng
- 27/08 thánh lễ đặt viên đá đầu tiên xây dựng thánh đường Giáo xứ
Ninh Mỹ trước kia là một bãi biển bồi cùng đai đất với tân Lý . Khoảng năm 1820 dân từ Ninh Cường và các làng lân cận tới Ninh Mỹ khai khẩn lập ấp, đứng đầu là cụ Vũ Đình Đoàn và Nguyễn Thế Mỹ. Đến năm 1948 được sự gúp đỡ của bề trên, giáo hữu cùng nhau góp công góp của làm nhà thờ họ Ninh Mỹ. Ban đầu giáo họ Ninh Mỹ thuộc giáo xứ Tân Lý. Năm 1877 đức cha Garcia cezon Khang chính thức ban sắc lập giáo họ, nhận thánh Thomas làm quan thầy. Lúc này giáo họ Ninh Mỹ thuộc xứ Ninh Sa.
Năm 1926 Ninh Mỹ là một họ lẻ có số giáo đân đông thứ nhì trong giáo xứ. Năm 1937 Dức Cha Đôminicô Hồ Ngọc Cẩn đã chính thức nâng giáo Họ Ninh Mỹ lên Giáo xứ. Thánh quan thầy Thomas, tiến sĩ kính ngày 28/11 và và thánh Têrêsa Avila tiến sĩ lễ kính ngày 15/10.
Nhà thờ giáo xứ đực xây dựng lại năm 1897, cho đến nay nhà thờ vẫn còn nguyên vẹn và là một trong những nhà thờ cổ kính và lâu đời nhất của giáo hội công giáo việt nam. Theo thống kê của giáo xứ năm 1951 giáo xứ có 750 giáo dân, đến năm 1999 có 2431 giáo dân và Giáo họ Tây Mỹ nhận thánh Giuse làm quan thầy, lễ kính vào ngày 19 tháng 3 hàng năm và được chính thức có nhà nguyện vào năm 1995. Đến ngáy 9 tháng 7 năm 2007 được cha Giuse Hoàng Văn Tiệm cấp lại sắc phong giáo họ và sắc quan thầy
